Promouvoir l’innovation technologique par la découverte

Appel de demandes
Programme mixte de collaboration entre Génome Canada et les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC)

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Contexte

Génome Canada et les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) ont élaboré ce programme mixte pour favoriser la collaboration entre les centres d'innovation de science et de technologie (CI S et T) financés par Génome Canada et les chercheurs canadiens afin que les technologies les plus récentes soient mises à contribution pour déterminer les causes génétiques de maladies d'enfance. Ce programme de financement sera axé sur les maladies pour lesquelles il est possible d’identifier rapidement des gènes, ce qui peut mener à des découvertes biologiques, cliniques et commerciales importantes.

Vingt ans se sont écoulés depuis le lancement officiel du Projet sur le génome humain et six ans depuis son achèvement. Les technologies de séquençage de la deuxième génération sont bien implantées et les celles de la troisième génération sont maintenant en cours d’élaboration et d’essai. L’implantation des techniques de séquençage massivement parallèles de la deuxième génération entraîne un changement de paradigme dans notre capacité d'identifier les mutations génétiques responsables de maladies. Les CI S et T financés par Génome Canada doivent pouvoir s'adapter aussi rapidement que possible à cette nouvelle réalité; de même, la communauté des chercheurs canadiens doit pouvoir profiter de ces progrès technologiques tout aussi rapidement.

Le Canada est bien placé pour exploiter ses nombreuses ressources importantes et ainsi être à l’avant-garde de la découverte de gènes pathologiques. Les CI S et T font parmi des chefs de file mondiaux en ce qui a trait à l’application de la technologie pour résoudre des problèmes scientifiques. Des cohortes de patients ont déjà consenti à la recherche et nous disposons d’échantillons. Les chercheurs canadiens sont en outre bien organisés et ils ont démontré qu’ils savent travailler en équipe.

D'autres pays, par exemple les États-Unis, la Chine et le Royaume-Uni, progressent aussi dans ce domaine. Ce programme mixte IRSC-Génome Canada permettra au Canada de profiter de ses avantages uniques et de jouer un rôle de premier plan sur la scène internationale dans la découverte de gènes pathologiques.

Atelier de planification de juin 2010

Pour définir les paramètres du programme de collaboration, un atelier d'une journée intitulé « Promouvoir l’innovation technologique par la découverte » a eu lieu le 8 juin 2010 et a réuni des chefs de file des domaines de la génétique des maladies d'enfance et des technologies de la génomique. Les recommandations de cette rencontre sont précisées dans le présent Appel.

Aperçu du programme

Ce programme de collaboration est axé sur les maladies d'enfance pour lesquelles des gènes peuvent être identifiés en un cours laps de temps et pour lesquelles les sujets sont peu nombreux pour s’assurer d’un effet maximal, compte tenu des fonds disponibles; ces maladies peuvent comprendre à la fois : i) les maladies mendéliennes rares; et ii) certains cancers rares chez les enfants et les adolescents. Il ne vise pas à étudier les variantes génétiques de maladies complexes. Cependant, si un programme à plus long terme était mis en place, il serait alors possible d’examiner des maladies plus complexes dans le cadre d’un programme élargi.

Le programme est d’envergure pancanadienne et les demandes doivent prévoir la participation de plusieurs centres de recherche. On s'attend à ce que les généticiens et les cliniciens élaborent en partenariat avec les CI S et T de Génome Canada les demandes faites au programme de collaboration. Chaque demande doit prévoir la participation d’au moins deux des trois CI S et T financés par Génome Canada qui offrent des services de séquençage et d’analyse des données (consulter la liste des CI S et T à l'annexe 1). Les demandes peuvent être axées seulement sur les cancers rares chez les enfants et les adolescents, sur d'autres maladies mendéliennes rares ou, s'il y a lieu, peuvent combiner les deux types/courants de maladies dans la même demande.

Le programme se compose de trois étapes :
Étape 1 : Création de consortiums nationaux axés sur des maladies et élaboration des demandes
Étape 2 : Utilisation des technologies de séquençage de la deuxième génération pour la découverte de gènes
Étape 3 : Validation des mutations proposées

Étape 1
Création de consortiums nationaux axés sur des maladies et élaboration des demandes.

On prévoit que les consortiums nationaux axés sur des maladies réuniront des cliniciens, des généticiens et des CI S et T, afin de regrouper rapidement les patients requis partout au Canada et d’élaborer une demande de financement. On prévoit aussi la création d’un seul consortium national pour chacun des types/courants : i) cancers rares chez les enfants et les adolescents, et ii) autres maladies mendéliennes rares. Ce programme est par définition à court terme; les demandes devront donc être fondées sur un nombre de patients existants. Les consortiums devront donc démontrer qu’ils disposent déjà des échantillons et des données d’expérimentation nécessaires et qu’ils ont déjà obtenu les consentements pertinents.

Chaque consortium devra établir les priorités entre les maladies et les échantillons à étudier. Il est recommandé à chaque consortium de créer un comité de sélection qui déterminera les priorités à l’aide des critères pertinents suivants :

  1. probabilité d’une identification rapide et fructueuse de gènes pathologiques (p. ex. selon le mode de transmission, la consanguinité, le nombre de patients/familles, les données biochimiques additionnelles, la qualité du diagnostic clinique);
  2. les avantages pour les patients, les familles et/ou le système de santé.

Les consortiums doivent déjà avoir en main les consentements des patients et les approbations du conseil d’éthique de la recherche (CER) ou pouvoir vraisemblablement les obtenir rapidement. Dans ce contexte, et compte tenu de la participation de populations vulnérables (enfants) et du rôle central du consentement, de la confidentialité et d'autres enjeux importants, tous les demandeurs doivent tenir compte des répercussions éthiques, environnementales, économiques, légales et sociales (GE3LS) de leurs propositions et intégrer des plans qui tiennent compte de ces répercussions dès le début de l’étape 1.

L'Institut de génétique des IRSC joue actuellement le rôle de catalyseur en vue de la création d'un consortium canadien sur les maladies rares. De plus, l'Institut du cancer des IRSC encourage sa communauté de chercheurs à former un consortium sur le cancer chez les enfants et les adolescents. Les personnes désireuses d’en savoir plus sur ces efforts doivent communiquer avec Stephanie Robertson (Institut de génétique) pour le consortium canadien sur les maladies rares ou David Hartell (Institut du cancer) pour le consortium sur le cancer chez les enfants et les adolescents. Vous trouverez leurs coordonnées ci-dessous.

Étape 2
Utilisation des technologies de séquençage de la deuxième génération pour la découverte de gènes par enrichissement ciblé, y compris le séquençage de l’exome ou du génome entier.

Les CI S et T financés par Génome Canada effectueront le séquençage et l'analyse bioinformatique préliminaire (nommer les nucléotides et les variations génétiques). À cette étape du programme, les chercheurs devrait avoir obtenu des résultats préliminaires montrant des mutations génétiques responsables de maladies d'enfance rares et nécessitant un minimum d’efforts de validation de suivi.

Étape 3
Validation des mutations pathologiques proposées.

On prévoit qu’un grand nombre des résultats du séquençage de petites cohortes nécessiteront une validation de suivi pour connaître les mutations responsables des maladies. Nous prévoyons que la validation prendra jusqu'à 12 mois. Les méthodes précises de validation dépendront de la nature des gènes spécifiques identifiés, mais pourraient nécessiter le séquençage du gène spécifique provenant d’une cohorte élargie de patients et de leurs parents, des études fonctionnelles sur des modèles animaux, l’analyse de l'expression des gènes et d’autres méthodes. Il faudra donc pour la validation faire appel à des disciplines et à des connaissances spécialisées multiples dont la bioinformatique, la biologie moléculaire, la génétique, la biologie cellulaire, les experts GE3LS et d’autres, de même que la collaboration active des CI S et T, des généticiens et des cliniciens.

Processis de demande et d'évaluation par les pairs pour les étapes 2 et 3

Génome Canada gérera le processus d’évaluation. Les dirigeants des consortiums doivent présenter des demandes de financement complètes au plus tard le 15 octobre 2010 à :

Nom : Kim Corbett
Titre : Gestionnaire de programme, Génome Canada
Téléphone : 613-751-4460, poste 120
Courriel : kcorbett@genomecanada.ca

Les demandes de financement doivent respecter les conditions suivantes :

  • résumer le travail de démonstration lié à la formation du consortium;
  • répondre aux critères d’évaluation;
  • décrire les activités clés qui se dérouleront aux étapes 2 et 3, y compris les activités éventuelles de suivi financées par d'autres mécanismes;
  • fournir un budget détaillé.

Le formulaire de demande, y compris le modèle de budget, sera fourni par le truchement de Génome Canada.

Un petit groupe d’experts évaluera les demandes et déterminera les propositions qui répondent le mieux au présent Appel. En plus de la qualité générale de la recherche, les critères d’évaluation comprendront les suivants (veuillez prendre note que ces descripteurs ne sont pas exhaustifs) :

  • Les maladies sont-elles bien choisies, à savoir offrent-elles un potentiel d'identification rapide des gènes responsables, d’après les données provenant d'un nombre assez restreint de sujets? A-t-on proposé un processus de validation efficient en aval?
  • L’identification des gènes responsables de ces maladies aura-t-elle une influence importante dans le domaine?
  • Les priorités attribuées aux maladies/ressources sont-elles justifiées?
  • La technologie proposée pour le projet est-elle la meilleure?
  • Les chercheurs qui composent l'équipe sont-ils ceux et celles qui conviennent le mieux (par exemple, représentation des diverses régions et disciplines)
  • Les demandeurs ont-ils montré de façon convaincante qu’ils disposeraient en temps opportun des échantillons et des données des patients, y compris le consentement de ces derniers
  • Les demandeurs ont-ils tenu compte des enjeux GE3LS de leur proposition et ont-ils prévu des plans pour examiner efficacement ces aspects?
  • Le budget proposé est-il raisonnable, compte tenu des activités proposées?

Les résultats seront connus au plus tard le 30 novembre 2010.

Étape de suivi éventuel

Comme tout investissement devrait entre autres aboutir à des résultats qui pourront donner lieu à des avantages et exercer une influence tangible, on s'attend à ce que les résultats obtenus dans le cadre du présent programme servent à d’autres études que des programmes de financement d'autres organismes pourraient financer, par exemple les concours des IRSC visant l’obtention de subventions de fonctionnement ou des initiatives stratégiques des Instituts, d’autres concours de financement de Génome Canada ou des centres de génomique régionaux, des concours lancés par d’autres organismes sans but lucratif ou l’accès à des fonds institutionnels. Les deux initiatives stratégiques suivantes des IRSC, par exemple, offrent la possibilité de poursuivre des travaux :

  • Nouvelles équipes d’étude des maladies rares : Appliquer la biologie fondamentale pour améliorer les soins aux patients (lancement du programme prévu en octobre 2010), codirigé par l'Institut de génétique et l'Institut de la nutrition, du métabolisme et du diabète des IRSC
  • Modifier les effets biologiques tardifs des traitements contre le cancer chez les enfants et les adolescents : prévention et atténuation (lancé en juin 2010) http://www.researchnet-recherchenet.ca:80/rnr16/vwOpprtntyDtls.do?prog=1024&tag=1 dirigé par l'Institut du cancer des IRSC

Ces deux appels de demandes, qui représentent un engagement financier total combiné de quelque 20 millions de dollars, pourraient offrir jusqu'à cinq ans de financement de travaux de suivi pour approfondir les réussites du programme IRSC-Génome Canada.

Financement offert

Les IRSC et Génome Canada verseront des montants égaux, jusqu'à concurrence de 2 millions de dollars chacun, à ce programme de collaboration. On prévoit que tous les participants (bailleurs de fonds et demandeurs) chercheront d’autres sources de financement pour donner plus d’ampleur au programme et accélérer l’obtention de résultats. Le cofinancement n’est pas exigé.

Échéancier

28 juillet 2010
Publication de l’appel de demandes

15 octobre 2010
Réception des demandes

30 novembre 2010
Annonce des résultats de l’évaluation

Décembre 2010
Début du séquençage et de l’analyse des données primaires

Janvier – décembre 2011
Validation de la liste des variations

Personnes-ressources

Personnes-ressources aux IRSC

Institut de génétique
Nom : Stephanie Robertson
Titre : Directrice adjointe
Téléphone : 613-954-0533
Courriel : Stephanie.robertson@cihr-irsc.gc.ca

Institut du cancer
Nom : David Hartell
Titre : Associé, Initiatives stratégiques de l’Institut
Téléphone : 613-941-4329
Courriel :David.hartell@cihr-irsc.gc.ca

Génome Canada

Nom : Kim Corbett
Titre : Gestionnaire de programme
Téléphone : 613-751-4460, poste 120
Courriel : kcorbett@genomecanada.ca

Au sujet des bailleurs de fonds

Les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) sont l'organisme de recherche en santé du gouvernement du Canada. Leur objectif est de créer de nouvelles connaissances scientifiques et de favoriser leur application en vue d'améliorer la santé, d'offrir de meilleurs produits et services de santé, et de renforcer le système de santé au Canada. Composés de 13 instituts, les IRSC offrent leadership et soutien à plus de 13 000 chercheurs et stagiaires en santé dans tout le Canada.

L'Institut de génétique appuie la recherche sur le génome humain et les génomes modèles, ainsi que sur tous les aspects de la génétique, de la biochimie fondamentale et de la biologie cellulaire liés à la santé et aux maladies, notamment l'application des connaissances en politiques et en pratiques de santé, et aux conséquences sociétales des découvertes génétiques.

L’Institut du cancer (IC) stimule la recherche fondée sur des normes internationales reconnues d'excellence scientifique et axée sur la prévention et le traitement du cancer ainsi que sur l'amélioration de la santé et de la qualité de vie des patients atteints de cancer.

Génome Canada est une société sans but lucratif qui constitue la principale source de financement et d’information liée à la recherche en génomique et en protéomique au Canada. Son principal objectif est de faire du Canada un chef de file mondial de la recherche en génomique. Vouée à l’élaboration et à la mise en œuvre d’une stratégie nationale de recherche en génomique au profit de tous les Canadiens et de toutes les Canadiennes, Génome Canada a reçu, depuis 2000, 915 millions de dollars du gouvernement du Canada auxquels se sont ajoutés près de 1 milliard de dollars de cofinancement de partenaires et de revenus de placement. Génome Canada travaillera en étroite collaboration avec ses centres de génomique régionaux (Génome Colombie-Britannique, Génome Alberta, Génome Prairie, Institut de génomique de l'Ontario, Génome Québec et Génome Atlantique) afin de faciliter l'interaction de la communauté de chercheurs en génétique et de ses fournisseurs de technologies, et veillera à des collaborations efficaces entre les CI S et T.

Annexe 1

Les centres d'innovation de science et technologie financés par Génome Canada qui offrent le séquençage et l’analyse des données sont les suivants :

Genome Sciences Centre
675, 10e avenue Ouest
Vancouver (Colombie-Britannique)
http://www.bcgsc.ca/platform
Personne-ressource  : Robyn Roscoe
Chef, Planification stratégique et Gestion de projets
rrscoe@bsgsc.ca

Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill
740, avenue Dr Penfield, bureau 7104
Montréal (Québec)
http://www.gqinnovationcenter.com/index.aspx
Personne-ressource  : Alexandre Montpetit
Directeur scientifique adjoint
Alexandre.montpetit@mail.mcgill.ca

The Centre for Applied Genomics
Hôpital pour enfants malades
Mars Centre – Tour Est
101, rue College, bureau 14-706
Toronto (Ontario)
http://www.tcag.ca/
Personne-ressource  : Jo-Anne Herbrick
Gestionnaire des installations
jherbrick@sickkids.ca