Rapport annuel 2016-2017 de Génome Canada 13 A u cours des 20 dernières années, la production aquicole cana- dienne a plus que doublé et son activité économique annuelle atteint presque 3,1 milliards de dollars. L’indus- trie emploie maintenant quelque 15 000 Canadiennes et Canadiens et exporte 101 000 tonnes de produits alimentaires. La santé du saumon d’élevage est toutefois continuellement menacée au Canada par les maladies infectieuses, dont celles que causent les poux de mer, les virus et les bactéries pathogènes. La qualité des aliments peut influen- cer la santé des saumons. De meilleurs aliments peuvent en améliorer la santé, réduire le recours aux antibiotiques et améliorer leur taux de croissance. Jusqu’à maintenant, toutefois, les entreprises d’aliments aquicoles ne disposent d’aucun moyen pratique de mesurer le rendement des nouveaux aliments à part la pesée des poissons et de juger de l’efficacité de leurs ali- ments à part les taux de croissance. Dans le cadre du projet financé par Génome Canada et intitulé Plate- forme de biomarqueurs pour l’essor commercial des aliments pour poissons d’élevage, lancé en 2014, Matthew Rise, Ph. D., de l’Université Memorial, Richard Taylor, Ph. D., de Cargill Aqua Nutrition (division de Cargill qui a fait en 2015 l’acquisition d’EWOS, une entreprise d'alimentation des saumons) et d’autres collaborateurs travaillent à l’identification et à la validation des gènes du saumon liés à sa croissance afin de les inclure dans un panel de bio- marqueurs. À partir d’un seul poisson, les chercheurs analysent l’expression d’environ 30 gènes liés à la réaction à la maladie et à la croissance pour déterminer les effets de divers aliments et ingrédients à l’échelle génomique. L’influence du régime alimentaire sur le métabolisme des lipides ou la réac- tion immunitaire aux antiviraux en sont des exemples. Le processus de transformation de ces données en aliments de meil- leure qualité n’a pas pour seul objet de stimuler l’immunité. Les biomarqueurs génétiques permettent aux chercheurs de suivre ce que chaque pathogène ou autre stimulus immunitaire fait au sau- mon et le traitement potentiel, lorsqu’il est ajouté aux aliments donnés au pois- son. Dans le cas des infections bacté- riennes, par exemple, il est important de limiter l’inflammation chronique. Dans le cas d’infections virales, il peut falloir contrôler l’énergie digestible et ajouter des stimulants immunitaires. Les outils génomiques mis au point dans le cadre de ce projet per- mettent à Cargill Aqua Nutrition, l’un des plus grands producteurs mondi- aux d’aliments piscicoles, de déter- miner à l’échelle cellulaire l’influence qu’exercent les aliments sur le poisson. L’entreprise peut aussi évaluer avec rapidité et exactitude l’influence de tout nouvel ingrédient au lieu d’attendre des mois pour que le poisson montre des changements perceptibles de taille. Cette technologie aide Cargill Aqua Nutrition à améliorer ses formules alimentaires et à créer de nouveaux ali- ments de grande qualité. L’entreprise commercialise les nouveaux aliments au cours de la durée prévue du projet et de nouveaux produits suivront pro- bablement dans les prochaines années. Cargill Aqua Nutrition fournit environ 80 % des ingrédients alimentaires à par- tir du Canada et les vend ici au Canada, aux États-Unis, au Mexique et en Asie. MM. Rise et Taylor ainsi que Mark Fast de l’Université de l’Île-du-Prince- Édouard et leurs collaborateurs ont ensuite reçu du financement pour un second projet du PPAG en 2016 : Ges- tion intégrée des agents pathogènes de co-infection dans le saumon atlantique. Ce projet utilise les outils et les con- naissances acquis au cours du projet sur la plateforme des biomarqueurs pour mieux comprendre comment réagissent les saumons dans les situa- tions très compliquées susceptibles de survenir dans les salmonicultures, soit l’exposition des poissons à plus d’un pathogène à la fois (co-infections). Ce partenariat d’universitaires et de l’industrie accroîtra la durabilité de la salmoniculture canadienne, améliorera le bien-être animal en aquaculture et verra l’application des mêmes bio- marqueurs dans les études des stocks de saumon sauvage. « Ces projets de collaboration, réalisés avec le financement de Génome Canada, nous ont permis d’appliquer de toutes nouvelles données à des problèmes scientifiques dont la solution se serait fait attendre des années encore. Grâce à eux, nous avons pu mieux servir nos actionnaires, nos clients, les consommateurs canadiens et internationaux. » — Richard Taylor, chercheur principal, Cargill Aqua Nutrition Les deux projets du PPAG – le projet de 3,8 millions de dollars, Plateforme de biomarqueurs pour l’essor commercial des aliments pour poissons d’élevage, et le projet de 4,5 millions de dollars, Gestion intégrée des agents pathogènes de co-infection dans le saumon atlantique – sont réalisés dans le cadre de partenariats de Genome Atlantic avec d’autres.