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Détection et caractérisation métagénomiques ciblées du SARS-CoV-2 et des virus co-infectieux

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Résultat

Statut

Actif

Concurrence

Initiative régionale génomique sur la COVID-19

Centre(s) de génomique

GE3LS

Non

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2020-2021

Description du projet

Les tests en laboratoire permettent de diagnostiquer et de traiter les maladies infectieuses, mais il est impossible de détecter ce que l’on ne teste pas. Pendant la pandémie actuelle de COVID-19, les efforts des laboratoires se concentrent sur le dépistage du nouveau coronavirus, le SRAS-CoV-2. Les tests approuvés par Santé Canada détectent le SRAS-CoV-2, mais pas les coinfections par d’autres virus respiratoires. Sans ces données, nous ne pouvons pas connaître la prévalence des coinfections ou leur impact sur la gravité de la maladie de COVID-19. Dans le cadre de l’initiative de recherche proposée, le partenariat établi entre les virologistes et les généticiens microbiens du Roy Romanow Provincial Laboratory (Saskatchewan), du Cadham Provincial Laboratory (Manitoba), du Centre for Disease Control (Colombie-Britannique), et de l’University of Regina optimisera et déploiera la capture du génome. Cette technique permettra de détecter le coronavirus ainsi que d’autres coinfections dans les échantillons des patients. Les coinfections par des virus respiratoires sont courantes et nuisent aux patients, mais nous en savons très peu sur les coinfections dans le contexte de la pandémie de COVID-19. L’intégration de la détection génomique des virus respiratoires pour mieux comprendre la gravité de l’infection par COVID-19 permettra d’améliorer directement et immédiatement les interventions de la santé publique et les plans de traitement clinique. De plus, l’approche de capture du génome restaure les diagnostics de coinfections à un moment où les capacités de test sont compromises par les pressions de la pandémie de COVID-19. Notre projet augmentera le nombre de laboratoires de santé publique participants au réseau canadien de génomique COVID (RCanGéCO) soutenu par Génome Canada en élargissant le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 dans les Prairies et en fournissant des protocoles de génomique pour chaque laboratoire de santé publique, ce qui ne fait pas partie du RCanGéCO. Le renforcement des capacités pour la compréhension génomique de la COVID-19 et le diagnostic des coinfections est opportun et tout à fait possible, car on tire parti des ressources existantes au Manitoba et en Saskatchewan ainsi que des partenariats nationaux éprouvés pour l’application des connaissances.

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