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Identification efficace et clonage des suppressions monogéniques chez le nématode Caenorhabditis elegans

État: 
Précédent
Concours: 
Concours III
Secteur: 
Santé
Centre(s) de génomique:
Genome British Columbia
Directeur or directrice de projet:
Donald Moerman
GE3LS: 
Oui
Année de lancement: 
2005-2006
Résumé: 

Le nématode (Caenorhabditis elegans) est un petit ver d’environ un millimètre de long qui sert d’organisme modèle en recherche en génétique. Son génome a été le premier des métazoaires multicellulaires entièrement séquencé en 1998 et presque la moitié de ses gènes ont des homologues chez les humains – des gènes qui ont des fonctions comparables et des origines communes au fil de l’évolution.

M. Donald Moerman, professeur de zoologie à l’Université de la Colombie-­Britannique, est le directeur du projet Identification efficace et clonage des suppressions monogéniques chez le nématode C. elegans.

En collaboration avec le consortium international de neutralisation de gènes du C. elegans, M. Moerman mettra au point une ressource de souches mutantes du nématode en supprimant ou en neutralisant des gènes. Dans certains cas, l’équipe de recherche neutralisera des gènes qui n’appartiennent qu’au nématode. Ces gènes peuvent être importants du point de vue de la santé humaine et parce que les nématodes constituent d’importants parasites de l’agriculture. Le ciblage de ces gènes peut mener à la mise au point de nématicides particuliers.

Dans d’autres cas, l’équipe neutralisera des gènes qui ont des homologues chez les humains. Un grand nombre des voies biochimiques sont les mêmes chez les nématodes et les humains. Comme le nématode est un organisme simple, il est souvent plus facile que chez les humains de déterminer le rôle de gènes spécifiques dans des voies biochimiques nouvelles ou existantes. Une meilleure compréhension de la fonction biologique fondamentale des gènes du nématode pourrait avoir des répercussions directes sur le diagnostic médical et le traitement de maladies héréditaires chez les humains, par exemple le cancer.

Le projet créera une ressource précieuse pour la communauté internationale des chercheurs, car les nématodes peuvent être surgelés, ce qui veut dire que les souches mutantes mises au point par l’équipe de recherche de M. Moerman pourront en permanence servir à la communauté de recherche.

(En anglais seulement)

Integrated GE3LS Research: Assessing the use and impact of genomic resources released into the public domain
GE3LS Project Leaders: Lily Farris, University of British Columbia

Summary

The aim of this GE3LS project is to track the use of data and research materials produced by the C. elegans Gene Knockout Consortium (GKC) in order to understand how public domain information is accessed, used and incorporated into scientists’ work.

Researchers, funding bodies and society debate the benefits of moving scientific knowledge into the public domain as a means to maximize accessibility. By making basic research publically available, opportunities are created for new scientific innovation to be developed. We are working to provide examples of the uptake from the public domain by focusing on the use of one particular research project’s body of publicly released data. By tracking the use of this openly available data source we are able to better understand how an open science system functions.  Using the C. elegans Gene Knockout Consortium (GKC) and the community of researchers who use C. elegans as a case study we are exploring how information is distributed through the  public domain by tracking the products (publications and patents) that arise from these freely released materials.   

The C. elegans GKC was created in 2001 as a central large-scale production system used to generate C. elegans with knocked out or deleted genes creating the tools and worm strains with which other researchers can address specific basic biological and disease-related problems.The consortium is a prime example of public domain science in action as it shares all data and reagents with the public prior to publication. Genetic material, data and worms are made freely available to everyone, without restrictions from copyright, patents or other proprietary mechanisms.

This GE3LS research project will explore the social and legal impact of the GKC and its practice of releasing data into the public domain. Members of the GE3LS team are analyzing how the GKC distributes worms (and their genetic data) in order to understand the downstream impact of this practice. Through the analysis of publications and patents which reference the use of C. elegans and the knockout consortium we aim to illustrate the process and exchange networks through which this upstream open science system functions.