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Le microbiote à l’interface de la muqueuse intestinale et du système immunitaire : une passerelle vers la santé personnalisée

État: 
Actuel
Concours: 
Concours 2012 : Projets de recherche appliquée à grande échelle – Génomique et santé personnalisée
Secteur: 
Santé
Centre(s) de génomique:
Ontario Genomics
Directeur or directrice de projet:
Alain Stintzi (Université d’Ottawa), David Mack (Centre hospitalier pour enfants de l’est de l’Ontario et Université d’Ottawa)
GE3LS: 
Oui
Année de lancement: 
2012-2013
Résumé: 

Objectif : mettre au point une méthode simple, non effractive et peu coûteuse permettant de détecter les maladies intestinales inflammatoires et d’en déterminer la gravité, dans le but d’élaborer de nouveaux traitements pour ces maladies.

Les maladies intestinales inflammatoires, par exemple, la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse, sont des maladies débilitantes et incurables qui durent toute la vie et dont les enfants peuvent être atteints. Le dépistage précoce est indispensable pour éviter les complications et améliorer la qualité de vie de ces enfants. Pour le moment, toutefois, il n’existe pas d’épreuve unique pour déterminer la présence ou le type de maladies intestinales inflammatoires et celles qui existent sont très désagréables pour les enfants.

L’équipe, dirigée par M. Alain Stintzi et le Dr David Mack, met au point une approche simple et non effractive de dépistage des maladies intestinales inflammatoires qui sera en outre moins coûteuse. À l’aide de technologies de pointe, les chercheurs examineront les bactéries intestinales pour trouver de meilleurs moyens d’identifier les maladies intestinales inflammatoires et d’en déterminer la gravité. Ces travaux pourraient également mener à de nouveaux traitements et à une amélioration de la qualité de vie des enfants partout dans le monde.

Résultats* :

  • Identification de biomarqueurs pour les maladies intestinales inflammatoires qui peuvent servir à mettre au point des outils de diagnostic et des traitements non effractifs qui pourraient accélérer les diagnostics et mener à des traitements personnalisés et plus efficaces. Cela pourrait réduire la nécessité des analyses radiologiques et des colonoscopies répétées, limiter les risques d’un traitement excessif ou insuffisant, réduire les complications et ainsi améliorer la qualité de vie et réduire les coûts en soins de santé.
  • Mise au point de biomarqueurs permettant de mieux distinguer la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.
  • Établissement d’une banque de biomarqueurs, d’ensembles de données et de techniques que l’on utilise maintenant dans des recherches plus poussées visant à élaborer et à valider des traitements personnalisés contre la maladie de Crohn chez les enfants, et pour élargir les stratégies de traitement de manière à inclure le microbiome (bactéries présentes dans l’intestin).
  • Soumission de quatre brevets, homologation de trois biomarqueurs et création d’une entreprise dérivée (Biotagenics) pour poursuivre les travaux de validation et commercialiser les biomarqueurs en tant qu’outils de diagnostic pour les maladies intestinales inflammatoires.
  • Publication de treize articles qui ont eu un impact important, dans des revues telles que Nature Communications, Gut, Analytical Chemistry et Microbiome and Inflammatory Bowel Diseases, ainsi que d’un article de synthèse dans Inflammatory Bowel Diseases. Cela comprend trois articles associés au volet GE3LS du projet.
  • Soixante-seize présentations données dans le cadre de conférences d’experts locales, nationales et internationales, dont le congrès mondial de gastroentérologie pédiatrique 2017.
  • Début d’un partenariat avec le Réseau canadien sur les maladies inflammatoires de l’intestin chez l’enfant, un projet de cinq millions de dollars financé par l’entremise de la Fondation Children with Intestinal and Liver Diseases (C.H.I.L.D.), en collaboration avec les Instituts de recherche en santé du Canada.
  • Élargissement du réseau de recherche de manière à inclure de nouvelles collaborations avec des équipes de recherche partout au Canada, aux États-Unis et en France.
  • Obtention de nouveaux fonds pour la prochaine phase de recherche sur les traitements, fournis par Génome Canada et les Instituts de recherche en santé du Canada. (Voir le projet actuel : Médecine de précision fondée sur le microbiome pour les maladies intestinales inflammatoires.)
  • On étudie actuellement les possibilités de collaboration avec le Broad Institute et la Helmsley Charitable Trust – deux organismes de financement prestigieux établis aux États-Unis qui s’intéressent au domaine de la génomique.
  • Acquisition d’une reconnaissance internationale de l’institut de recherche du Centre hospitalier pour enfants de l’est de l’Ontario (CHEO). En 2018, l’institut a été reconnu, dans le cadre d’un processus externe et international d’évaluation par les pairs, comme un chef de file national dans la recherche sur le microbiome et les maladies intestinales inflammatoires.
  • L’équipe de recherche a été agrandie et compte maintenant 30 personnes, dont des spécialistes en métabolomique et en épidémiologie qui ont permis au laboratoire d’adopter une démarche pluridisciplinaire, d’accroître le taux de découverte et d’amener les nouvelles techniques de diagnostic à un stade où elles pourront bientôt être utilisées.
  • Formation d’étudiants de cycle supérieur et de boursiers postdoctoraux qui ont poursuivi leur route jusqu’à des postes universitaires et au sein de Santé Canada et du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG).
  • Volet GE3LS : collaboration avec des chercheurs GE3LS à Guelph pour la publication des résultats d’études menées auprès de patients atteints de maladies intestinales inflammatoires et de leurs familles, qui ont permis de mieux comprendre la perspective des enfants concernant les difficultés quotidiennes leur posent ces maladies. Cela englobait les considérations éthiques et sociales relativement à la participation aux recherches, la prise de décisions concernant la communication des résultats, les interactions entre les pairs et les choix des familles en matière d’alimentation dans un contexte de troubles gastro-intestinaux. Les constatations seront utiles aux soignants, aux fournisseurs de soins de santé, aux chercheurs, aux comités d’éthique de la recherche et à d’autres intervenants qui travaillent avec des jeunes atteints de maladies intestinales inflammatoires. Les chercheurs ont également décrit le rôle que peut jouer la génomique microbienne dans la mise en place de systèmes de santé en apprentissage (LHS) qui combinent les sciences, l’informatique, les mesures incitatives et la culture pour l’amélioration et l’innovation continues des pratiques en soins de santé.

*Révision : juillet 2018