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Mission de la génomique : la détection des nouveaux variants du SRAS-CoV-2

Vendredi 29 janvier 2021

Entretien avec la Dre Catalina Lopez‑Correa et le Dr Gary Van Domselaar

Dre Catalina Lopez-Correa et Dr Gary Van Domselaar

Un nouveau variant du virus SRAS-CoV-2 qui se propage plus rapidement et plus facilement s’implante au Canada, ce qui fait craindre aux chercheurs et aux représentants de la santé publique qu’il ne l’emporte rapidement sur la souche qui circule actuellement.

Le Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) soutient activement l’Agence de la santé publique du Canada en identifiant et en séquençant des échantillons viraux hautement prioritaires. Ces travaux aideront à mieux comprendre les répercussions potentielles du variant du SRAS-CoV-2 (B.1.1.7) identifié la première fois au Royaume-Uni en décembre dernier et d’autres variants préoccupants au Canada. 

Nous avons demandé à la Dre Catalina Lopez-Correa, directrice exécutive du RCanGéCO et au Dr Gary Van Domselaar, chef de la Bio-informatique au Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada et membre du Comité de coordination et du Comité de mise en œuvre du projet VirusSeq du RCanGéCO de nous parler de l’importance du séquençage et des progrès faits par le Canada pour relever les défis que représentent les variants de la COVID-19.


« Nous sortons la génomique des laboratoires et nous l’appliquons à la résolution de problèmes concrets et à l’orientation des décisions cruciales en matière de santé publique et de politiques. Nous passons à l’étape supérieure où nous pouvons utiliser ces données de séquençage dans le cadre non seulement d’un projet de recherche, mais aussi d’une initiative de santé publique. » — Dre Catalina Lopez-Correa

« Très peu de pays ont un programme de surveillance génomique de grande envergure de la COVID-19. Nous sommes parmi les premiers au monde pour ce qui est de l’ampleur de notre programme. » — Dr Gary Van Domselaar


Comment le RCanGéCO appuie-t-il la réponse de la santé publique du Canada à ces nouveaux variants?

Dr Van Domselaar : L’un des soutiens les importants du RCanGéCO est sa capacité, à l’échelle nationale, d’effectuer le séquençage à grande échelle des génomes du SRAS-CoV-2. Grâce à cela, le Canada a pu produire environ 30 000 génomes au cours de l’éclosion. Cet ensemble de données a contribué à déterminer si ces variants circulaient et se retrouvaient déjà au Canada dès qu’ils ont été déclarés, mais aucun n’avait été observé dans notre base de données. On a ainsi eu de l’information précieuse qui a servi à orienter les décisions du Canada concernant les mesures aux frontières.

Dre Lopez-Correa : Le RCanGéCO a, parmi ses objectifs principaux, celui de donner au Canada les moyens d’effectuer une surveillance génomique de la COVID-19, y compris de détecter et de surveiller les variants préoccupants existants et émergents. Lorsque l’existence de ces variants a été connue, nous étions prêts à réagir, ce qu’a montré notre capacité de les détecter rapidement au Canada.

Comment les membres du RCanGéCO se sont-ils mobilisés en réaction à ces nouveaux variants?

Dr Van Domselaar : Dans les heures où ils ont été portés à notre connaissance, le RCanGéCO avait analysé les données des séquences versées dans la base de données nationale qui ont servi à informer l’Agence de la santé publique du Canada. Nous avons ensuite mis sur pied une équipe d’intervention, composée de chercheurs en santé publique, d’épidémiologistes, de modélisateurs, de cliniciens et de virologues, pour déterminer comment détecter ces nouveaux variants. L’équipe a élaboré un ensemble de stratégies et de priorités nationales permettant d’identifier ces variants et publié une alerte de santé publique le 23 décembre 2020. Ces stratégies ont été très efficaces, en deux jours nous avions identifié le premier variant B.1.1.7 préoccupant au Canada.  

Comment le séquençage des virus nous aide-t-il à identifier et à comprendre ces nouveaux variants?

Dre Lopez-Correa : Le séquençage du génome viral se distingue des tests diagnostiques par le fait que le test ne fait que révéler la présence ou l’absence du virus dans un spécimen clinique. Le test ne peut pas en soi faire la différence entre les différents variants qui circulent au Canada.

Dr Van Domselaar : Le séquençage du génome ajoute une toute nouvelle dimension à la détection parce qu’en analysant le modèle des mutations dans l’ensemble de la séquence du génome, nous pouvons confirmer de manière absolue si un spécimen contient un variant préoccupant donné. Le séquençage nous permet aussi d’étudier les mutations qui surviennent dans ces variants de sorte que nous pouvons vérifier si elles sont associées à une augmentation de la transmissibilité, de la gravité de la maladie, de l’évasion immunitaire (expression utilisée pour décrire les variants du SRAS-CoV-2 qui pourraient échapper à l’immunité assurée par les vaccins), de même que de l’efficacité des tests et des vaccins.

Pourquoi un consortium national comme le RCanGéCO est-il important pour cette réaction?

Dre Lopez-Correa : La réaction n’aurait pas été possible sans le RCanGéCO et nos partenaires. Ensemble, nous tirons parti de l’expertise et des capacités du système de santé publique canadien et de celles des meilleurs chercheurs canadiens en génomique de la santé publique afin de structurer et de mettre en œuvre le séquençage génomique à grande échelle pour assurer la surveillance génomique du coronavirus. Nous mettons également à profit plus de 20 ans d’investissements de Génome Canada dans la génomique au pays.

Le Réseau est fondé sur les partenariats et l’interaction de différents groupes. Je précise qu’un groupe clé est celui des laboratoires provinciaux qui produisent les données de séquençage et travaillent sans relâche. Nous travaillons également en étroite collaboration avec les centres de génomique qui aident à mettre en place les écosystèmes de recherche sur la COVID-19 dans les provinces et qui communiquent avec le public. Nous interagissons également avec la communauté canadienne de modélisation mathématique, avec des chercheurs qui mettent au point des méthodes innovantes pour nous aider à détecter plus rapidement les nouveaux variants préoccupants. Fondamentalement, nous unissons nos forces à celles de tous ces différents réseaux.

Que savons-nous des nouveaux variants B.1.1.7 et B.1.351 du SRAS-CoV-2?

Dre Lopez-Correa : Nous avons récemment identifié le variant B.1.1.7 (observé la première fois au Royaume-Uni) et le variant B.1.351 (observé la première fois en Afrique du Sud) chez des personnes qui n’avaient pas voyagé. Il semble donc que ces variants se sont propagés dans la communauté, ce à quoi nous nous attendions. Notre réaction rapide semble avoir été efficace pour ce qui est de déceler la présence de ces variants dès les premiers stades de la transmission, ce qui nous place en bien meilleure position pour mettre en œuvre des interventions de santé publique pour limiter la propagation et nous donner du temps pour nous préparer au scénario selon lequel ils vont s’implanter et devenir prévalents.

Dr Van Domselaar : Nous savons que ces variants n’avaient pas été observés au Canada dans les 25 000 séquences recueillies avant décembre 2020. Notre détection rapide de ces variants nous a permis de savoir qu’un grand nombre d’entre eux viennent de personnes qui sont récemment revenues de voyages internationaux, d’intervenir rapidement et de les empêcher de se propager dans la population. Nous recueillons maintenant plus de données sur ces nouveaux variants pour étudier les associations possibles avec la gravité des maladies, la réponse aux traitements et l’efficacité des vaccins.

Quelle est la stratégie actuelle du RCanGéCO en ce qui concerne le séquençage des virus?

Dr Van Domselaar : Il y a beaucoup plus de virus qui circulent au Canada que notre capacité à les séquencer. Actuellement, nous séquençons plus de 1 000 génomes par semaine, mais nous nous efforçons d’accroître la capacité au Canada pour réussir à séquencer plus de virus et à mieux suivre et contrôler la propagation de ces nouveaux variants. Nous utilisons les données des séquences pour effectuer une surveillance génomique des variants préoccupants existants, de même que les nouveaux variants qui peuvent apparaître au Canada et qui augmentent la gravité de la maladie, sa transmissibilité, et l’ l’évasion immunitaire. Nous utilisons également les données des séquences pour étudier les éclosions, par exemple les cas de super-propagation.

Dre Lopez-Correa : Nous séquençons actuellement cinq pour cent environ des cas positifs de COVID-19, un taux supérieur à celui des autres pays de comparaison. Il faut aussi souligner que nous élaborons une stratégie d’échantillonnage pour nous aider à établir un ordre de priorité dans le séquençage au Canada. Nous échangeons également des données à l’échelle mondiale – d’abord au Canada, puis ensuite dans le monde. Nous avons consacré beaucoup de temps et d’énergie à renforcer notre capacité, à créer des protocoles, à mettre en place tous ces éléments qui ont maintenant de profondes répercussions sur notre réponse à ces nouveaux variants. Le rôle vital du Réseau dans notre recherche de solutions à ces grands défis est indéniable.

La découverte de ces nouveaux variants a-t-elle modifié la stratégie? Si oui, comment?

Dr Van Domselaar : La découverte de ces nouveaux variants n’a pas tant modifié la stratégie que les priorités. Nous avons dû, cependant, élaborer des stratégies ciblées précises pour la détection et la surveillance de ces variants. Ces priorités ont été largement réparties dans la communauté de la santé publique et les travailleurs de première ligne pour qu’ils puissent les mettre en œuvre. Elles ont très bien réussi.

Comment les travaux du RCanGéCO aideront-ils maintenant à relever les défis créés par cette pandémie et les crises de santé publique futures?

Dre Lopez-Correa : Le RCanGéCO contribue considérablement à l’augmentation des capacités scientifiques et techniques nécessaires à la surveillance et à la réponse génomique à la COVID-19, mais il a également mis une capacité fondamentale énorme à la disposition de la génomique de la santé publique en général. La communauté canadienne de la santé publique entend tirer parti de cette capacité pour appliquer la science et la technologie génomiques à la lutte et à la prévention d’autres maladies infectieuses qui circulent au Canada. Cela devrait assurer des avantages importants, à long terme et recherchés depuis longtemps au système de santé publique canadien.


Le Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) a pour mission de relever le défi de la COVID-19 en produisant les données accessibles et utilisables des génomes viraux et humains pour orienter les décisions stratégiques et les décisions en santé publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirigé par Génome Canada, en partenariat avec les six centres de génomique régionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de santé publique, les centres de séquençage du génome (par le truchement de CGEn), les hôpitaux, les universités et l’industrie dans l’ensemble du pays.