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Outils bio-informatiques pour le partage et l’analyse fédérés de données d’épidémiologie génomique en temps réel dans le cadre de l’initiative One Health

État: 
Actuel
Secteur: 
Agriculture et agroalimentaire
Environnement
Centre(s) de génomique:
Genome British Columbia, Genome Prairie
Directeur or directrice de projet:
William Hsiao (Université de la Colombie-Britannique), Gary Van Domselaar (Agence de la santé publique du Canada)
GE3LS: 
Non
Résumé: 

Les maladies infectieuses comme l’influenza, la maladie à virus Ebola, la listériose et la salmonellose, de même que d’autres agents pathogènes peuvent être dévastateurs pour les animaux et les humains, nuire aux économies et paralyser le commerce. L’initiative One Health (une seule santé) reconnaît que la santé des humains, des animaux et de l’environnement est étroitement liée et qu’il faut une approche collective pour détecter les éclosions, y réagir et les prévenir efficacement. La génomique a transformé la détection et la caractérisation des agents pathogènes, accéléré la mise au point de tests diagnostiques et de vaccins et accru nos connaissances sur ces agents pathogènes. L’utilisation des données génomiques pour la surveillance en temps réel chez nos partenaires est cependant difficile en raison de l’information contextuelle peu uniforme associée aux échantillons génomiques, du manque de plateforme de confiance et sécurisée pour le partage des données et de l’insuffisance des outils pour les analyses génomiques localisées et collaboratives. William Hsiao, Ph. D., de l’Université de la Colombie-Britannique et du BC Centre for Disease Control Public Health Laboratory et Gary Van Domselaar, Ph. D. de l’Agence de la santé publique du Canada créent de nouvelles plateformes de partage des données et des outils de traitement des données pour permettre le partage en temps réel des données entre plusieurs instances, ce qui permettra aux chercheurs de différents domaines – et aux logiciels qu’ils utilisent – de communiquer l’information plus rapidement, avec plus d’exactitude et en toute sécurité. Trois centres canadiens de collaboration et des partenaires internationaux mettront à l’essai les outils pour s’assurer de leur pertinence et de leur utilité. Les outils logiciels mis au point dans le cadre de cette collaboration visent à transformer les modes de partage et d’analyse des données sur les maladies infectieuses, ce qui mènera à une meilleure surveillance de l’émergence et de la propagation des agents pathogènes dans la faune, les aliments et les animaux de boucherie, ainsi que dans l’environnement, ce qui réduira le fardeau des maladies, préviendra les embargos sur le commerce agroalimentaire et réduira au minimum les rappels coûteux de produits alimentaires. Ils amélioreront la communication entre les agences de la santé publique et les établissements agricoles et rehausseront la collaboration à l’échelle provinciale, nationale et internationale. En fin de compte, le projet améliorera la santé et le bien-être de la population canadienne.