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PathOGIST : une analyse multicritères calibrée en microbiologie de la santé publique

État: 
Actuel
Concours: 
Concours 2015 en bio-informatique et en génématique
Secteur: 
Santé
Centre(s) de génomique:
Genome British Columbia
Directeur or directrice de projet:
Leonid Chindelevitch (Simon Fraser University), William Hsiao (University of British Columbia), Cedric Chauve (Simon Fraser University)
GE3LS: 
Non
Année de lancement: 
2016-2017
Résumé: 

Les agences de santé publique protègent la population contre les maladies infectieuses en surveillant les agents responsables de ces maladies (pathogènes) et en intervenant lorsque surviennent des éclosions de maladie. Sans ces efforts concertés, la santé de notre population serait menacée. Aujourd’hui, les travailleurs en santé publique peuvent effectuer le séquençage pangénomique d’agents pathogènes pour étudier les risques et déterminer la source des éclosions. Il demeure toutefois difficile de transformer ces données en interventions concrètes.

Leonid Chindelevitch, Ph. D., Cedric Chauve, Ph. D. (Université Simon Fraser), et William Hsiao, Ph. D. (UBC) élaborent un cadre informatique solide et statistiquement fiable appelé PathOGIST pour que les travailleurs en santé publique et d’autres puissent rapidement classifier les agents pathogènes en groupes apparentés sur le plan épidémiologique, en se fondant sur les données de séquençage, et produire des rapports de génomique interprétés qui orienteront leurs interventions. PathOGIST révolutionnera la gestion des éclosions de maladies, assurera des réactions plus rapides qui réduiront considérablement l’incidence à la fois sanitaire et économique de ces éclosions.