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Pipeline et navigateur ePlant pour l’accès et l’intégration des données multiniveaux des sciences dites « omiques » sur 15 espèces importantes sur le plan agronomique pour l’établissement d’hypothèses

État: 
Actuel
Concours: 
Concours 2015 en bio-informatique et en génématique
Secteur: 
Agriculture et agroalimentaire
Centre(s) de génomique:
Ontario Genomics
Directeur or directrice de projet:
Nicholas Provart (University of Toronto)
Année de lancement: 
2016-2017
Résumé: 

Au cours des cinq dernières années seulement, des immenses volumes de données ont été produits sur 15 espèces végétales importantes pour le Canada dont le peuplier, le maïs, le riz, l’orge, le blé, le soja et les tomates. Il faudra pouvoir utiliser efficacement ces données pour améliorer et gérer ces cultures afin de nourrir et abriter un monde qui comptera neuf milliards de personnes d’ici 2050 et lui fournir de l’énergie dont il aura besoin.  

L’ePlant Framework, mis au point grâce à une subvention précédente de Génome Canada, permet aux chercheurs de voir facilement où et quand un gène est « actif » et si des variantes génétiques naturelles pourraient faire en sorte qu’il fasse mieux son « travail »; ce cadre ne contient actuellement des données que sur une seule espèce et il faut maintenant des données sur d’autres espèces. Le chercheur principal, Nicholas Provart, Ph. D. (Université de Toronto), envisage de mettre au point un ePlant Pipeline pour faciliter la création de n’importe quelle ePlant, en se fondant sur des données génomiques ou des séquences exomiques. L’ePlant Navigator permettra des comparaisons entre cultivars et entre espèces, ce qui permettra d’établir des hypothèses solides. L’accès facile à ces ensembles de données permettra aux chercheurs d’explorer la diversité génétique, l’expression des gènes et d’autres données sur des gènes importants pour améliorer les cultures.