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Profiler les pommes

Profiler les Pommes

La vallé Annapolis, en Nouvelle-Écosse, est depuis longtemps célèbre pour ses récoltes de pommes en raison de ses sols fertiles et de ses températures clémentes. À l’avenir, elle pourrait également devenir le centre de présélection en ligne pour les pomiculteurs du monde entier.

Une équipe dirigée par le généticien Sean Myles de l’Université Dalhousie, a planté plus de 1 000 variétés différentes de pommes – deux de chaque variété, soit 2 500 semis en tout, y compris les témoins – sur une bande de deux hectares d’un centre de recherche à Kentville. Les chercheurs ont déjà commencé à systématiquement cartographier le génome de chaque variété, première étape de la découverte des gènes responsables de caractéristiques précises liées à la qualité du fruit et à sa résistance à la maladie.

L’équipe veut réduire considérablement le temps de production d’un nouveau cultivar de pomme. Ce processus est depuis toujours laborieux, chronophage et coûteux. Les phytogénéticiens croisent deux variétés, plantent des centaines de semis, puis attendent des années que les plants viennent à maturité pour pouvoir évaluer le fruit. Généralement, seuls quelques arbres sont choisis en vue d’une propagation future; on se défait du reste.

Selon M. Myles, les phytogénéticiens pourront un jour feuilleter en ligne un catalogue pour y trouver le profil génétique de chaque variété, en choisir deux à croiser et passer une commande. Les techniciens analyseront l’ADN de la progéniture pendant qu’elle est encore en semis dans la serre et enverront aux producteurs des semis aux caractéristiques souhaitées.

On dit que si les génomes étaient des livres, chacun représenterait l’équivalent de 800 dictionnaires. Ce n’est pas une mince tâche que de gérer, d’analyser et d’interpréter toute l’information nécessaire à la détermination des profils génétiques souhaitables des nouveaux cultivars. Pour comprendre ces énormes quantités de données, l’équipe de M. Myles a reçu des fonds de Génome Canada en 2012 pour concevoir un nouveau logiciel convivial qui s’accompagnera d’applications pour d’autres cultures à forte diversité.

Le projet « de petite envergure et novateur » de l’Université Dalhousie a été l’un des 17 projets retenus dans le cadre du Concours 2012 en bio-informatique et en génématique, organisé en partenariat avec les Instituts de recherche en santé du Canada. La valeur totale de ces projets de recherche, dont certains à grande échelle, atteint presque 11 millions de dollars.