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Programme pilote de surveillance des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de l’Ontario

État: 
Actuel
Concours: 
Initiative régionale génomique sur la COVID-19
Secteur: 
Santé
Centre(s) de génomique:
Ontario Genomics
Directeur or directrice de projet:
Lawrence Goodridge (University of Guelph), Robert Delatolla (Université d'Ottawa)
GE3LS: 
Non
Année de lancement: 
2021-2022
Résumé: 

Les variants préoccupants représentent maintenant 67 % de toutes les infections au SRAS-CoV-2 en Ontario. Ils l’emportent rapidement dorénavant sur la lignée ancestrale endémique dans diverses régions du monde en raison de leur transmissibilité nettement supérieure (Coutinho et coll. 2021). Le fait qu’ils échappent à l’immunité naturelle (p. ex., des personnes précédemment infectées par un variant antérieur sont réinfectées par un variant préoccupant) et à l’immunité induite par la vaccination préoccupe de plus en plus. En Ontario, les variants préoccupants sont associés à une augmentation de 63 % du risque d’hospitalisation, de 103 % du risque d’admission dans les unités de soins intensifs (USI) et de 56 % du risque de décès dû à la COVID-19 (Ontario Science Advisory Table 2021). Les approches utilisées actuellement pour identifier les variants préoccupants sont basées sur l’analyse quantitative de la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (qRT-PCR) et le séquençage du génome d’échantillons cliniques. Le taux d’attaque des variants préoccupants est si élevé que la lenteur et les biais associés aux tests cliniques traditionnels empêchent de signaler de manière précise et opportune l’incidence des variants préoccupants aux services de santé publique. Il faut des mesures additionnelles à l’échelle de la population, indépendantes des données cliniques, pour fournir des données exploitables aux services de santé publique. La détection des variants préoccupants dans les eaux usées, à l’aide des méthodes de qRT-PCR et de séquençage, est une source d’information inexploitée qui peut répondre à ce besoin. En outre, l’identification des variants préoccupants dans les eaux usées renseignera sur leur présence dans les collectivités, puisque les échantillons d’eaux usées contiennent des déchets fécaux provenant de nombreuses personnes et que de multiples variants pourraient être trouvés dans chaque échantillon d’eaux usées.

Un programme pilote ciblé de surveillance des variants préoccupants dans les eaux usées de l’Ontario fournira des données précieuses pour la détection hâtive, le suivi des tendances et l’évaluation des risques pour les collectivités. Cette proposition vise à mobiliser un groupe de base de chercheurs qui élaboreront et mettront en œuvre à l’échelle de l’Ontario un programme de surveillance des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées, qui consiste en une analyse par qRT-PCR des eaux usées pour y détecter les variants préoccupants, suivie d’un séquençage du génome des échantillons positifs à la qRT-PCR afin d’assurer un suivi approfondi des variants préoccupants connus et émergents. Le programme pilote mobilisera les équipes ontariennes qui connaissent déjà l’application des tests qRT-PCR afin de surveiller les variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans toute la province. Les échantillons seront analysés par qRT-PCR dans toutes les régions de la province toutes les deux semaines, et les échantillons de chaque région seront également analysés par séquençage pour déterminer la présence de variants préoccupants. Si les données de séquençage révèlent l’existence d’un nouveau variant préoccupant pour lequel il n’existe pas d’analyse par qRT-PCR, une nouvelle analyse sera rapidement mise au point et distribuée aux membres de l’équipe chargée de la surveillance par qRT-PCR. La surveillance des variants préoccupants dans les eaux usées est une approche complémentaire de la surveillance clinique. Les partenariats indispensables actuels avec les services de santé publique municipaux, provinciaux et fédéraux sont mis à profit pour assurer la diffusion rapide des données sur les variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. Ces données aideront à guider la prise de décisions pour les collectivités de l’Ontario, ce qui améliorera ainsi la réponse de la santé publique à la pandémie de COVID-19.