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Équipes interdisciplinaires de recherche sur la génomique dans la société

Appel de demandes : Équipes interdisciplinaires de recherche sur la génomique dans la société  

1. Aperçu

Divers facteurs sociaux, économiques et environnementaux, y compris des exigences légales et réglementaires, peuvent influencer l’adoption des innovations fondées sur la génomique, surtout lorsqu’elles représentent des changements importants aux pratiques actuelles. Déjà, la recherche sur les répercussions de la génomique dans la société (recherche GE3LS[1]) menée dans le cadre de projets de recherche appliquée à grande échelle (PRAGE) aide à mieux comprendre ces facteurs principalement dans le contexte de projets individuels, mais aussi par rapport aux secteurs. Toutefois, pour assurer une mise en œuvre efficace et responsable des applications génomiques[2] novatrices, Génome Canada a créé un Programme des équipes interdisciplinaires de recherche sur la génomique dans la société pour faciliter la collaboration et le dialogue entre les chercheurs et les autres intervenants importants dans les secteurs qui seront transformés par les progrès de la génomique.

Le Programme vise plus précisément à renforcer les liens entre les chercheurs, les utilisateurs et d’autres intervenants lorsque les enjeux sont susceptibles d’influencer l’approbation et la mise en œuvre des technologies génomiques, y compris leur commercialisation. Il vise à appuyer et à améliorer la recherche GE3LS qui s’efforce de résoudre les difficultés importantes et prépondérantes qui influencent l’adoption et l’intégration des résultats de la recherche en génomique et/ou qui accélèrent la synthèse et la diffusion aux utilisateurs de la recherche pertinente, entre autres les décideurs d’un secteur d’activité.  

Par le présent Appel de demandes, Génome Canada souhaite obtenir des propositions dans les trois volets suivants, dans le but de financer au moins une équipe par volet :

  • volet 1 : propositions dont les répercussions toucheront surtout le secteur de la santé humaine;
  • volet 2 : propositions dont les répercussions toucheront surtout le secteur de l’agriculture/l’agroalimentaire et/ou celui de l’aquaculture/les pêches;
  • volet 3 : propositions dont les répercussions toucheront surtout le secteur des ressources naturelles (foresterie, énergie, mines) et/ou celui de l’environnement.

Les propositions intersectorielles, qui englobent plusieurs secteurs dans deux ou trois volets sont aussi admissibles.  

2. Objectifs

Le Programme des équipes interdisciplinaires de recherche sur la génomique dans la société a pour objet de rassembler les chercheurs de différentes disciplines pour l’étude des facteurs qui influencent l’avancement, l’adoption, l’évaluation et la gouvernance de la recherche en génomique et d’aborder les questions qui se trouvent au carrefour de la génomique et de la société et qui, en définitive, contribueront au leadership du Canada et à des avantages sociaux et/ou économiques dans divers secteurs.  

Pour atteindre ces objectifs, les équipes entreprendront des activités qui peuvent comprendre, sans toutefois s’y limiter, les suivantes :  

  • mener des projets de recherche appliquée collaborative et interdisciplinaire pour résoudre des problèmes clés et saisir des possibilités importantes dans un ou plusieurs secteurs;
  • définir et combler les lacunes de connaissances urgentes dans un ou plusieurs secteurs;
  • promouvoir les outils existants, élaborer une méthodologie commune, appliquer des approches normalisées et/ou établir des pratiques exemplaires, au besoin;
  • obtenir de nouvelles idées transversales et la participation des intervenants pour faciliter la mise en œuvre des innovations;
  • mettre en commun ou partager des ressources qui peuvent être utiles aux projets financés ou d’autres travaux de recherche en cours en génomique;
  • offrir à la génération future de chercheurs GE3LS de la formation ou du perfectionnement des compétences, dont l’apprentissage et la compréhension interdisciplinaires.

L’équipe devra démontrer qu’elle collabore activement avec les milieux scientifiques et les utilisateurs pertinents de la génomique dans la planification et le déroulement de sa recherche; on s’attend en outre à ce que les résultats du projet puissent améliorer les pratiques ou les politiques dans ces milieux. Cette exigence peut aussi comprendre des interactions avec les équipes de projets GE3LS intégrés, financées dans le cadre des concours PRAGE de Génome Canada.

3. Financement disponible et durée

  • Génome Canada met environ trois (3) millions de dollars à la disposition des chercheurs.  
  • Environ le tiers du financement de Génome Canada sera investi dans chacun des trois volets définis ci-dessus afin de financer au moins une équipe dans chacun des volets.
  • Au moins la moitié (50 %) des fonds demandés pour les coûts admissibles de chaque équipe doit provenir du cofinancement. Au moins la moitié (50 %) du cofinancement doit avoir été obtenue au moment du déblocage des fonds et un plan réalisable doit être présenté pour décrire comment le reste du cofinancement sera obtenu pendant la durée du projet mené par l’équipe.
  • La contribution maximale de Génome Canada à une équipe approuvée sera de un (1) million de dollars. Il n’y a pas de limite au montant du cofinancement et par conséquent, aucun maximum à la taille de l’équipe.  
  • Génome Canada ne considérera pas les demandes qui lui sont faites pour un total inférieur à 500 000 $.
  • Les équipes retenues recevront le financement pendant une durée maximale de quatre ans.

4. Admissibilité

Pour être jugées admissibles, les propositions soumises dans le cadre du présent concours doivent respecter les critères suivants :

  • répondre aux objectifs du concours;
  • l’équipe doit privilégier une approche interdisciplinaire pour étudier des sujets liés aux répercussions d’envergure nationale de la génomique dans la société (recherche GE3LS);
  • les équipes doivent comprendre au moins trois chercheurs de disciplines différentes au niveau de directeur ou de cochercheur;
  • les équipes doivent démontrer la participation et l’intégration de chercheurs en génomique pertinents et d’utilisateurs de cette science. Des équipes qui rassemblent des chercheurs et des utilisateurs de différentes régions du pays pourraient avoir plus d’incidence à l’échelle nationale; cette approche est encouragée, mais elle n’est pas exigée.  
  • L’intégration de nouveaux chercheurs dans l’équipe est encouragée. Par nouveaux chercheurs, on entend les chercheurs nouveaux dans le domaine de la génomique dans la société, ainsi que les chercheurs en début de carrière (qui comptent au plus cinq ans depuis leur première nomination, ce qui leur permet d’être un chercheur ou une chercheuse admissible selon les Lignes directrices de Génome Canada).   

Les domaines de recherche admissibles comprennent, sans s’y limiter, les suivants :

  • l’exploration des répercussions sociales des technologies nouvelles telles que CRISPR/l’édition génomique et la biologie de synthèse (p. ex., la perception et la compréhension du public, la confiance du public, les lignes directrices réglementaires, les politiques et la supervision gouvernementale de ces technologies;
  • l’adoption de technologies génomiques pour atténuer les changements climatiques et s’y adapter (p. ex., une analyse des risques/avantages des effets des changements climatiques; la définition de stratégies de gestion pour la conservation de la faune; l’élaboration de cadres de gestion portant sur les questions de sécurité, d’environnement et de réglementation);
  • l’intégration du savoir traditionnel, en collaboration avec les intervenants autochtones locaux afin d’obtenir l’acceptation sociale des activités de recherche; la mise en œuvre de la recherche d’une manière qui reconnaît les droits, le respect, la coopération et le partenariat avec les communautés autochtones locales;
  • les enjeux et les possibilités de l’application des technologies « omiques » qui contribueront à assurer la sécurité alimentaire, la salubrité des aliments et les pratiques de production durables à mesure de la croissance démographique (p. ex., le bien-être des collectivités, la gestion des ressources, le développement durable, l’adaptation aux changements climatiques; la compréhension des effets de la réglementation sur les nouvelles techniques de sélection; l’accès et le partage des avantages; les modèles de rendement agricole; les cadres des traités internationaux);
  • l’examen des obstacles et des possibilités liées à l’application de la génomique en milieu clinique (p. ex., comprendre les preuves économiques en santé de la mise en œuvre en milieu clinique du séquençage panexomique et du séquençage pangénomique pour les cancers et les maladies rares).

5. Participation des utilisateurs

Tous les projets doivent clairement montrer que les utilisateurs participent à l’élaboration et à l’exécution du plan de recherche pour s’assurer de l’adoption de la recherche par les récepteurs et de l’utilité de la recherche dans la pratique.  

« Les utilisateurs » dans le contexte du présent appel de demandes peuvent se définir comme ceux et celles qui peuvent utiliser l’information produite par la recherche pour prendre des décisions éclairées concernant les problèmes, les politiques, les programmes et la mise au point de produits pertinents. Des exemples d’organisations utilisatrices en sont l’industrie et les associations industrielles, les organisations de producteurs, les ministères et les organismes de réglementation. Des représentants de ces diverses organisations doivent faire partie de l’équipe de projet.

Les utilisateurs doivent être clairement intégrés à l’équipe en tant que membre, collaborateur ou dirigeant. Ils sont encouragés à collaborer activement à l’établissement des priorités et au déroulement de la recherche, de même qu’au résumé, à la diffusion, au partage et à l’application des connaissances qui en découleront. Le cofinancement démontrerait explicitement l’intérêt de l’utilisateur pour les éventuels livrables du projet, mais une organisation qui utilisera les livrables n’est pas tenue de contribuer au cofinancement obligatoire.

6. Avantages pour le Canada

Toutes les demandes doivent décrire, preuves à l’appui, qu’un ou des livrables concrets seront obtenus d’ici la fin de la période de financement et qu’ils pourront ensuite être transformés en avantages sociaux et/ou économiques importants pour le Canada. Les livrables doivent pouvoir s’appliquer dans le laps de temps le plus court possible après la fin de la période de financement et mener à des avantages pour le Canada, compte tenu de ce qu’il est raisonnable d’attendre des livrables proposés.

Les demandes doivent comprendre un plan solide d’application des connaissances et de concrétisation des avantages (c’est-à-dire la façon dont les livrables de la recherche seront transférés, diffusés, utilisés et/ou appliqués pour concrétiser les avantages sociaux et/ou économiques).  

7. Lignes directrices sur le financement

Les Lignes directrices sur le financement de Génome Canada doivent être respectées tout au long du concours et par la suite, dans la gestion du projet retenu.

7.1.  Lignes directrices additionnelles

Les lignes directrices additionnelles, propres au présent Appel de demandes, sont les suivantes :

Coûts non admissibles

Il est à noter que même si un ou des chercheurs en génomique doivent faire partie de l’équipe, les salaires, les avantages et les coûts associés à l’exécution de travaux en laboratoire humide (qui désignent les activités comme le séquençage de l’ADN ou l’analyse des protéines qui produisent des données « omiques ») ne sont pas admissibles.

Présentation de rapports

Génome Canada, par l’entremise du centre de génomique administrateur, exigera un rapport sur l’avancement des travaux au moins une fois par année.

8. Processus de candidature et d’évaluation

Les candidats doivent présenter leur demande de financement par le truchement de leur centre de génomique régional. Le processus de demandes comprend deux étapes : l’inscription et la demande complète.

Un bref formulaire d’inscription sera utilisé pour donner une première idée d’éléments tels que l’auteur de la demande, ce qu’il envisage de faire, les domaines de recherche et les livrables attendus, les budgets approximatifs et les évaluateurs proposés. Ces renseignements permettent aux centres de génomique de déterminer l’admissibilité et facilitent la sélection hâtive des évaluateurs en vue du processus d’évaluation par les pairs. Les renseignements contenus dans les inscriptions admissibles (p. ex., le nom du ou des directeurs de projet, l’établissement responsable, le titre du projet, les domaines de recherche et les mots clés) seront publiés dans le site Web de Génome Canada pour faciliter la détermination des domaines dans lesquels une synergie est possible entre les demandes provenant de toutes les régions canadiennes, de sorte que les candidats puissent envisager de s’associer à d’autres chercheurs dans un projet commun.

La demande complète sera évaluée pour en déterminer l’admissibilité et sa pertinence générale par rapport au programme au moyen des critères d’évaluation décrits à l’Annexe 1.   

9. Échéancier

La demande de financement doit être soumise à Génome Canada par l’entremise d’un centre de génomique. Veuillez communiquer avec votre centre de génomique régional pour plus de renseignements sur son processus et ses propres échéances.

Date

Activité

30 mai 2019

Date limite des inscriptions

11 septembre 2019

Date limite des demandes complètes

Mi-novembre 2019

Rencontre du Comité d’évaluation

Décembre 2019

Décisions de financement et avis aux équipes

10. Personnes-ressources

Kristin Tweel

Genome Atlantic

ktweel@genomeatlantic.ca

902 421-5646

Diana Iglesias

Génome Québec

dIglesias@genomequebec.com

514 398-0668 ext. 222

Dennis McCormac

Ontario Genomics

dmccormac@OntarioGenomics.ca

416 673-6590

Simon Potter

Genome Prairie

spotter@genomeprairie.ca

204 230-7974

Niall Kerrigan

Genome Alberta 

nkerrigan@genomealberta.ca

403 210 5252

Catalina Lopez-Correa

Genome British

Columbia

clopez@genomebc.ca

604 675-1035

Annexe 1 – Évaluation des demandes

1. Critères d’évaluation

Les critères d’évaluation relèvent de trois catégories :  

  1. Proposition de recherche
  2. Avantages sociaux et économiques pour le Canada
  3. Gestion et finances

2.  Proposition de recherche

  • Contexte et originalité de la recherche
    • Dans quelle mesure la recherche proposée dirige-t-elle, prolonge-t-elle et/ou complète-t-elle des travaux nationaux et internationaux dans le domaine?
    • Dans quelle mesure la recherche proposée est-elle le reflet d’une pensée créatrice et originale?
    • Dans quelle mesure la recherche est-elle pertinente pour les utilisateurs ciblés?
  • Plans de recherche
    • Dans quelle mesure les méthodes et les approches conviennent-elles aux objectifs de la recherche?
    • Comment la recherche peut-elle être réalisée compte tenu des ressources et des échéances proposées?
    • Quelle est la pertinence du plan de diffusion des données et de partage des ressources à l’intérieur du projet et avec l’ensemble de la communauté des chercheurs? Le plan est-il conforme aux politiques de Génome Canada en matière de diffusion et de partage des données?
  • Expertise en recherche
    • Quelle est la pertinence de l’expertise et des antécédents de l’équipe de recherche, compte tenu des objectifs à atteindre?
    • Comment les différents types d’expertise seront-ils intégrés, y compris celle des chercheurs en génomique et des utilisateurs?
    • La proposition comprend-elle des plans pour inclure de nouveaux chercheurs, soit des chercheurs qui commencent dans le domaine de la génomique dans la société et des chercheurs en début de carrière (qui comptent au plus cinq ans depuis leur première nomination, ce qui leur permet d’être un chercheur ou une chercheuse admissible selon les Lignes directrices de Génome Canada)?
  • Approche relative au travail en équipe
    • Des plans réalisables et pertinents sont-ils proposés pour la mise en commun ou le partage des ressources qui peuvent être utiles à d’autres membres de l’équipe?
    • Dans quelle mesure l’équipe facilitera-t-elle de réelles collaborations entre les disciplines de façon à obtenir des résultats solides à des questions de la recherche?

3.  Avantages pour le Canada

  • Livrables
    • Dans quelle mesure les candidats ont-ils précisé des livrables qui ont le potentiel d’influencer les secteurs visés par le présent concours?
    • Quelle est la probabilité d’obtenir les livrables d’ici la fin de la période de financement?
  • Avantages sociaux et/ou économiques attendus
    • Quelle importance revêtent les avantages décrits dans la proposition pour ce qui est de contribuer utilement aux secteurs visés par le présent concours?
    • L’évaluation de l’utilité des avantages (y compris les aspects économiques, s’il y a lieu) est-elle convaincante?
    • Les avantages seront-ils concrétisés dans un court laps de temps après la fin du projet, compte tenu de ce qu’il est raisonnable d’attendre des livrables proposés?
    • Les avantages sont-ils réalistes et réalisables dans le laps de temps proposé?
  • Stratégie adoptée pour concrétiser les avantages
    • Quelle est la solidité du plan d’application des connaissances et de création des avantages, autrement dit le plan explique-t-il bien les étapes suivantes du transfert, de la diffusion, de l’utilisation et/ou de l’application des livrables de la recherche qui mèneront à la concrétisation des avantages sociaux et/ou économiques?
  • Expertise pour la concrétisation des avantages
    • Dans quelle mesure l’expertise de l’équipe permettra-t-elle d’approfondir et de mettre en œuvre la stratégie adoptée pour concrétiser les avantages?
    • Dans quelle mesure les utilisateurs probables participent-ils au projet et à la stratégie adoptée pour concrétiser les avantages?

4.  Gestion et finances

  • Le/la ou les directeurs/directrices de projet possèdent-ils les capacités, l’expérience, l’expertise en recherche, l’expertise en administration et le temps nécessaire pour diriger l’équipe?
  • Le plan de gestion est-il pertinent (gouvernance, responsabilités et processus décisionnels))?
  • Dans quelle mesure les plans garantissent-ils un nombre suffisant de personnel très qualifié, notamment des stagiaires en recherche comme des étudiants et des boursiers de niveau postdoctoral), pour répondre aux exigences des travaux proposés en recourant au recrutement et/ou à la formation?
  • Quelle est l’efficacité probable des plans proposés pour communiquer à l’intérieur de l’équipe, avec le centre de génomique, avec les collaborateurs et les partenaires et avec les milieux de la recherche?
  • Le budget proposé est-il raisonnable pour ce qui est de l’ampleur des efforts et des livrables prévus?
  • Dans quelle mesure le plan de cofinancement est-il réalisable?
 

[1]  L’acronyme GE3LS s’entend de la « génomique et de ses aspects éthiques, environnementaux, économiques, légaux et sociaux ». Toutefois, il doit être pris dans un sens large et englober les projets de recherche en génomique et les activités connexes menés du point de vue des sciences sociales et des sciences humaines. Par conséquent, il ne se limite pas strictement aux disciplines qui y sont désignées, mais englobe plutôt toutes celles qui s’appuient sur des méthodologies quantitatives et qualitatives pour étudier les répercussions de la génomique dans la société et aider à établir les fondements qui orienteront les applications, les pratiques et les politiques.

[2] Le mot « génomique » désigne l’étude approfondie, au moyen de technologies à haut rendement, de l’information génétique d’une cellule ou d’un organisme et de ses fonctions. La définition comprend les disciplines connexes de l’épigénomique, de la métabolomique, de la métagénomique, de la protéomique, de la transcriptomique, de la bio-informatique et de la biologie de synthèse, dans la mesure où le lien avec l’information génétique est clair.