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RCanGéCO VirusSeq

RCanGéCO VirusSeq

Comme le SARS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19, se propage d’une personne à une autre, il continue de muter. Il est possible de suivre ces mutations au moyen du séquençage du génome du virus. Ces mutations peuvent ensuite être utilisées pour produire un « arbre généalogique » de ce virus et de ses « descendants », ce qui aide les chercheurs à établir des liens entre les cas apparentés. Les modifications du virus peuvent aussi influencer la gravité de la maladie ou sa capacité à se propager. Les données des séquences des génomes viraux sont donc devenues un outil essentiel pour les représentants de la santé publique qui peuvent ainsi mieux suivre à la fois les changements et la propagation du virus.

Le projet VirusSeq du RCanGéCO propose par conséquent de coordonner et de financer des efforts élargis de séquençage génomique et d’appuyer l’échange de données dans un cadre ouvert et éthique.

Pour faciliter l’atteinte de ces objectifs, Génome Canada a constitué un consortium composé de laboratoires de santé publique, d’hôpitaux, d’instituts de recherche, de centres de séquençage génomique à grande échelle, de l’industrie et de centres d’analyse des données.

Ce consortium est au service du pays pendant la crise actuelle de la COVID-19 et devient au Canada un réseau de génomique évolutif et coordonné qui sert à préparer le pays en cas d’éclosions et de pandémies futures.

Pourquoi séquencer ce virus?

Chronologie du virus

Novembre 2019

Le coronavirus humain SARS-CoV-2, le virus à l’origine de l’éclosion de COVID-19, a fait son apparition à la fin de novembre 2019 et en quatre mois, il était devenu pandémique, se propageant à 177 pays au moins et entraînant l’une des interruptions les plus importantes des activités humaines de l’histoire moderne.

Janvier 2020

La publication rapide, le 10 janvier 2020, de la première séquence génomique s’est avérée indispensable aux efforts mondiaux de lutte contre la COVID-19 et ses répercussions. Ce séquençage a permis non seulement d’amorcer le développement de vaccins et de médicaments antiviraux, mais il a aussi permis de concevoir des tests diagnostiques moléculaires importants et de les partager dans le mois où la maladie a été déclarée à l’OMS. Ces tests diagnostiques ne peuvent toutefois que confirmer si une personne a la COVID-19 ou pas. Les séquences génomiques déterminent de plus comment les cas sont liés entre eux, de sorte qu’on peut les utiliser pour retrouver l’origine du virus et déterminer également comment il se propage à l’échelle nationale et internationale.

De février à aujourd’hui

Les séquences génomiques, échangées rapidement avec les données contextuelles, ont permis de confirmer les introductions du virus au-delà des frontières et de reconnaître les cas de transmission communautaire, ce qui a orienté les politiques de lutte contre les éclosions. Les efforts soutenus de séquençage génomique sont indispensables à la modélisation de l’irruption et de la propagation du virus à l’échelle locale. À mesure que le nombre de cas de COVID-19 attribuables à la transmission communautaire augmentera, les enquêtes épidémiologiques et le suivi dépendront de plus en plus des données génomiques qui serviront de données probantes pour le dépistage des grappes de cas. Il est également essentiel d’assurer une surveillance continue basée sur le génome après la réduction du nombre de cas pour définir et contrôler les sources de grappes qui font craindre une deuxième vague épidémique.

L’avenir

Les changements dans les séquences génomiques, associés à la gravité de la maladie ou un jour à la résistance aux médicaments, peuvent aussi être suivis et orienter éventuellement la gestion des patients à mesure que le virus évoluera.

Cliquer ici pour en savoir plus sur la gouvernance du projet VirusSeq du RCanGéCO.
 

COVID-19 : Situation actuelle

Source: Gouvernement du Canada

L’information donnée sur la carte est fondée sur des données des partenaires provinciaux et territoriaux du RCanGéCO. Elle est à jour le 19 octobre 2020 à 19 h HE. Pour connaître les données les plus à jour pour une province, un territoire ou une ville et voir la description textuelle du graphique, veuillez consulter la version interactive de la carte.