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Utilisation de la métatranscriptomique pour l’interrogation fonctionnelle des microbiomes

État: 
Précédent
Concours: 
Concours 2012 en bio-informatique et en génématique
Secteur: 
Santé
Centre(s) de génomique:
Ontario Genomics
Directeur or directrice de projet:
John Parkinson (Hospital for Sick Children)
GE3LS: 
Non
Année de lancement: 
2013-2014
Résumé: 

Les bactéries ne vivent pas isolément. Elles tendent à former des parties de communautés microbiennes (appelées « microbiomes ») marquées par des relations complexes d’interdépendance avec leur environnement. On pense de plus en plus que la composition de ces communautés exerce une forte influence sur la santé et la maladie chez les humains. Pour mieux comprendre comment les bactéries fonctionnent dans leurs communautés, le profilage de l'expression des gènes de microbiomes intégraux s’est avéré un outil puissant pour étudier leur influence sur leur environnement. Il existe toutefois peu de méthodes et d’outils pour comprendre pleinement les données qui résultent de ce profilage.

M. John Parkinson et son équipe visent à combler cette lacune en mettant au point un nouveau logiciel qui permettra d'identifier les gènes et les voies qui jouent des rôles importants dans le microbiome. Ces gènes et ces voies constituent des cibles possibles de nouveaux traitements qui aideront à maintenir des microbiomes en santé et réduiront le risque de maladies telles que le diabète de type-1, le syndrome du côlon irritable et l’arthrite rhumatoïde.