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Génome Canada lance le portail national de données pour suivre la COVID-19 en temps réel

Mardi 27 avril 2021

Ottawa (Ontario)

Génome Canada a lancé aujourd’hui le Portail canadien de données du projet VirusSeq afin de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 au Canada. Maintenant en ligne, le portail est un pilier très attendu de l’infrastructure nationale de données qui renforcera la capacité du Canada de gérer la pandémie actuelle — et toute pandémie ultérieure — par l’échange et le ressourcement des séquences des génomes viraux. Cette solution canadienne en matière de données est l’un des principaux livrables de la Stratégie intégrée de lutte contre les variants préoccupants de 53 millions de dollars, annoncée par le gouvernement du Canada le 12 février 2021, pour détecter et contrer les variants préoccupants de la COVID-19 au Canada.

Ajout indispensable aux efforts du Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO), le nouveau portail national permet l’échange en temps réel des données et regroupe les séquences des génomes du SRAS-CoV-2 utilisées pour détecter et diagnostiquer les nouveaux variants et en prévoir la propagation, de même que les métadonnées connexes du Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’Agence de santé publique du Canada et des laboratoires de santé publique du pays. Ce portail donne aux chercheurs canadiens et aux experts de la santé publique une seule plateforme à partir de laquelle téléverser des données génomiques exhaustives et normalisées sur les virus et permettre aux experts d’interagir et de collaborer avec les auteurs des données. Génome Canada sera le consignataire des données.

Le portail fournira aux chercheurs, aux dirigeants de la santé publique et à d’autres experts qui participent à l’élaboration de la réponse canadienne à la pandémie un tableau clair du virus partout au pays, y compris la détection, la transmission, l’évolution et le traçage des variants préoccupants. Il résulte de mois de travaux préparatoires menés par le professeur en génétique humaine, Guillaume Bourque, Ph. D., et son équipe de recherche de l’Université McGill, en collaboration avec les chercheurs du projet VirusSeq du RCanGéCO et d’autres chercheurs en génomique renommés qui se spécialisent dans la science et la politique en matière de données, dont Fiona Brinkman, Ph. D. (Simon Fraser University), William Hsiao, Ph. D. (Simon Fraser University), Lincoln Stein, Ph. D. (Institut ontarien de recherche sur le cancer) et Yann Joly, Ph. D. (Université McGill).

L’équipe de M. Bourque travaillera avec DNAstack afin d’intégrer le Nuage COVID, une plateforme infonuagique qui aide les chercheurs et les décideurs à mieux connaître la COVID-19 à l’aide de la génomique et d’autres ensembles de données. Le Nuage COVID sert à l’échange des données selon des normes ouvertes mises au point par l’Alliance mondiale de génomique et de santé et donne aux chercheurs des outils pour trouver, visualiser et analyser des ensembles de données dans le nuage. Le Nuage COVID est mis au point par un consortium de partenaires canadiens et financé par la Supergrappe des technologies numériques du Canada.

Jusqu’à maintenant, les laboratoires et les chercheurs de santé publique du Canada étaient limités lorsqu’ils voulaient brosser un tableau de la pandémie de COVID-19 parce qu’ils devaient fournir des données à diverses banques de données internationales et les consulter, notamment la Global Influenza Surveillance & Response System (GISAID), la banque de données mondiales la plus importante de séquences du coronavirus. Aucune base de données ne contenait à elle seule toute l’information nécessaire pour établir une stratégie exhaustive et pancanadienne de surveillance génomique et, jusqu’à aujourd’hui, il existait de nombreux obstacles à l’échange des données propres au contexte canadien.

Le portail canadien est prêt à recevoir les séquences des génomes viraux et les métadonnées des laboratoires et des chercheurs de partout au Canada au cours des prochains jours et des prochaines semaines. Le portail évoluera activement. À mesure de l’ajout de séquences virales, l’équipe de M. Bourque et des collaborateurs continueront de développer de nouveaux outils pour consulter, analyser et interpréter les données.

Maintenant que le RCanGéCO entame sa deuxième année et que l’infrastructure des données pour la surveillance génomique nationale est en place, le Canada est bien placé pour réagir à la pandémie de COVID-19 et contribuer efficacement à la réponse internationale aux variants préoccupants, gérer les pandémies futures et mettre à profit l’échange des données génomiques pour faire progresser les initiatives de médecine de précision.

Citations

« Le portail des données est une étape importante de la mise en œuvre de la Stratégie canadienne de lutte contre les variants préoccupants. Cette solution canadienne d’échange rapide des données et de recherches dans les données génétiques détaillées des virus donnera aux chercheurs canadiens l’information indispensable dont ils ont besoin pour lutter contre la COVID-19 et les menaces futures des maladies infectieuses. »
– L’honorable Patty Hajdu, ministre de la Santé

« Le monde a encore beaucoup à faire pour vaincre la COVID-19 et l’échange rapide des données est l’une des armes les plus efficaces à notre disposition. Grâce au lancement du portail des données du projet VirusSeq, nous disposons maintenant d’une plateforme pour toutes les séquences canadiennes du SRAS-CoV-2 et les métadonnées connexes. Cette solution scientifique ouverte, créée au Canada, simplifiera l’accès à des ensembles nationaux de données indispensables aux chercheurs et aux représentants de la santé publique et elle leur permettra de collaborer. Au bout du compte, elle renforcera notre capacité de prendre toutes sortes de décisions et de faire toutes sortes de découvertes qui permettront au Canada de sortir de cette pandémie et nous aideront à gérer la prochaine. »
Guillaume Bourque, Département de génétique humaine, Université McGill, et directeur, Canadian Centre for Computational Genomics.

« La pandémie de COVID-19 a accentué l’importance des données et de leur échange. Les virus ne connaissent pas de frontières et pour cette raison, la mise au point de stratégies efficaces en santé publique nécessite aussi un accès sans frontières aux données. Le lancement du portail des données du projet VirusSeq aujourd’hui est une étape importante et nécessaire pour que le Canada continue d’avancer. Le portail appuiera la Stratégie canadienne de lutte contre les variants préoccupants, approfondira la contribution du pays aux efforts nationaux et internationaux de surveillance génomique et à la prise de décisions en santé publique. »
Catalina Lopez-Correa, directrice exécutive, RCanGéCO

« Maintenant plus que jamais, les décideurs doivent accéder rapidement aux données sur les variants préoccupants. En lançant ce portail, nous fournissons l’infrastructure qui facilitera la recherche collaborative et la découverte grâce à l’échange ouvert et à l’analyse des données génomiques partout au pays. Nous sommes heureux d’appuyer cet effort par l’intégration de la plateforme nuagique COVID qui permet de partager les données canadiennes selon les normes de l’industrie et de simplifier leur analyse dans le contexte des données internationales. Le lancement du portail est une étape importante dans le renforcement de notre défense contre la COVID-19 afin de protéger la santé et la sécurité des Canadiennes et des Canadiens. »
Marc Fiume, PDG, DNAstack

Faits rapides

  • Génome Canada dirige le Réseau canadien de génomique COVID-19 – RCanGéCO qui fait partie de l’effort national intégré financé par le gouvernement fédéral et qui vise à utiliser la surveillance génomique pour identifier rapidement, comprendre et suivre les variants préoccupants de la COVID-19 au Canada. Les participants comprennent les autorités fédérales, provinciales et régionales canadiennes en santé publique et leurs partenaires en soins de santé, les universités, l’industrie, les hôpitaux, les instituts de recherche et les centres de séquençage à grande échelle.
  • Le RCanGéCO collabore avec le Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, les Instituts de recherche en santé du Canada, les partenaires provinciaux et territoriaux des soins de santé, les universités, l’industrie, les hôpitaux, les instituts de recherche et les centres de séquençage à grande échelle afin d’intensifier rapidement les efforts de séquençage génomique et de recherche afin de détecter les nouveaux variants, d’accroître la capacité d’échange des données en temps réel et d’orienter les réponses pertinentes de la santé publique.
  • Le LNM assure un leadership scientifique essentiel dans la réponse du Canada à la COVID-19. Les chercheurs du LNM sont des chefs de file mondiaux de la génomique et de son utilisation comme outil de surveillance. Les travaux effectués par le LNM et ses partenaires orientent les priorités du séquençage au Canada afin d’identifier rapidement les variants et d’orienter les mesures de la santé publique, par exemple les restrictions aux déplacements, qui contribuent à atténuer leur introduction au pays et leur propagation.

Liens connexes

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